商品的自然升溢是指在自然条件影响等原因下，商品价值上升的现象。企业在购进商品并运输途中可能会发生短缺或溢余的情况，对于这些情况需要按照不同的方式进行处理。
当企业购进的商品在运输途中出现短缺时，企业应该及时与供应商联系，核实短缺数量并进行补偿。如果短缺是因为运输过程中的意外情况导致的，企业可以向保险公司提出索赔申请，以获得相应的赔偿。
而当企业购进的商品在运输途中出现溢余时，企业需要按照相关规定进行处理。首先，将溢余商品的价值按照不含税的价款贷记到“待处理财产损溢”账户中。然后，需要查明溢余的原因，并进行转销处理。一般情况下，待处理财产溢余不会考虑增值税的问题。
如果经过调查发现溢余是由于商品的自然升溢引起的，企业应该将其转入“营业外收入”账户中进行核算。这是因为商品的自然升溢属于非经营性的收入，对企业的经营业绩没有直接影响，因此需要进行单独的核算。
总之，企业在购进商品并运输途中可能会遇到短缺或溢余的情况，对于这些情况需要根据不同情况进行处理。对于商品的自然升溢，企业应该将其转入“营业外收入”账户中进行核算，以便更好地反映企业的财务状况。