一般借款和专门借款之间存在几个主要区别。首先，从含义上来看，专门借款是指固定资产完工前发生的借款，其利息支出会计入所建固定资产价值中，并予以资本化。而财务费用中的利息支出则指企业为筹集生产经营所需资金等而发生的利息支出及相关的手续费费用。
其次，这两种借款在产生阶段上也有所不同。财务费用发生的利息支出被视为企业的期间费用，而固定资产完工前发生的专门借款利息支出则被记入固定资产价值之中，即在建工程。
最后，两者在利息计算方面也存在差异。在借款费用资本化期间内，每一会计期间的利息（包括折价或溢价的摊销）资本化金额应当按照特定方法确定。对于为购建或生产符合资本化条件的资产而借入的专门借款，应以实际发生的利息费用减去将尚未动用的借款资金存入银行取得的利息收入或进行暂时性投资取得的投资收益后的金额确定。而对于占用了一般借款的情况，企业应根据累计资产支出超过专门借款部分的资产支出加权平均数乘以所占用一般借款的资本化率，计算确定一般借款应予资本化的利息金额。资本化率应根据一般借款加权平均利率计算确定。此外，如果借款存在折价或者溢价，应按照实际利率法确定每一会计期间应摊销的折价或者溢价金额，调整每期利息金额。在资本化期间，每一会计期间的利息资本化金额不应超过当期相关借款实际发生的利息金额。