公司支付给员工的车辆补助费，是员工福利的一种形式。根据员工所在的部门，这笔费用应计入管理费用—福利费或销售费用—福利费科目。具体的会计分录如下：
首先，借方记录为管理费用—福利费。这意味着公司将这笔费用作为管理费用的一部分进行记账。
其次，贷方记录为应付职工薪酬—福利费。这意味着公司承认有一笔应付给员工的福利费用。
实际支付时，会计分录会有所变化。借方记录为应付职工薪酬—福利费，表示公司需要支付给员工的福利费用。
而贷方记录为银行存款等。这意味着公司通过银行存款或其他方式支付了这笔费用给员工。
如果这笔费用是员工出差时的停车费，可以将其计入管理费用—差旅费—车费科目。这意味着公司将这笔费用视为员工出差期间的交通费用之一。
综上所述，公司支付给员工的车辆补助费应根据员工所在部门，分别计入管理费用—福利费或销售费用—福利费科目。会计分录包括借方记录管理费用—福利费和贷方记录应付职工薪酬—福利费，实际支付时借方记录应付职工薪酬—福利费和贷方记录银行存款等。如果费用是员工出差的停车费，则可以计入管理费用—差旅费—车费科目。