当从外部机构获取的原始凭证不慎遗失时，应采取以下措施：首先，必须取得原开具单位加盖公章的证明文件。该文件中需详细注明丢失凭证的编号、涉及金额以及具体事项。随后，此证明需经经办单位的会计部门负责人、主管会计人员及单位高层领导审核并批准。只有完成上述流程后，才能将该证明作为有效的原始凭证进行账务处理和核算。