根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）的第六条规定，当一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，并转为小规模纳税人时，其存货无需进行进项税额转出处理，同时留抵税额也不予退税。

依据《增值税暂行条例实施细则》第四条第三项的规定，对于设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，如果将货物从一个机构移送至其他机构用于销售，则应视同销售行为。然而，这一规定不适用于相关机构设在同一县（市）的情况。

基于上述规定，当设立在外县市的分支机构注销时，从该分支机构移至总机构的存货应当被视为销售行为。在这种情况下，留抵的税额将被作为分支机构的进项税额，在实现的销项税额中正常扣除，而不允许在企业所得税前扣除。