企业开办费用的扣除方式有两种选择：一次性全额扣除或分期摊销。
根据国家税务总局发布的《关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函[2009]98号），新税法未将开（筹）办费明确列为长期待摊费用。因此，企业在开始经营的第一年内可以选择将全部开办费用一次性从税前利润中扣除，或者按照新税法对长期待摊费用的规定进行分摊处理。需要注意的是，一旦企业选定了其中一种扣除方式，就不得再更改。此外，对于在新税法实施之前已经发生的但尚未摊销完毕的开办费用，同样可以依据上述规定进行处理。