当企业与对方的分支机构进行交易时，是可以为其开具发票的。这意味着，如果交易对象是对方公司的某个分支部门，那么发票上可以明确标注该分支机构的名称。
然而，若单位直接与对方的总公司进行交易，情况则有所不同。在这种情况下，发票抬头不应填写为分支机构名称，而应确保发票内容与实际的交易情况相符。这体现了财务操作中对细节的关注，以及遵循相关法律法规的重要性。