当个人在多个单位工作并取得年终奖时，处理方式需根据具体情况而定。若在同一月份内从两个或更多单位获得年终奖，则可以将该月内的所有年终奖合并计算，并按照国税发〔2005〕9号文件中规定的个人所得税计税方法进行纳税。然而，如果这些奖金不是在同一个月内发放的，那么只能选择其中一个月份内的奖金按照上述规定计算应缴纳的个人所得税，而其他月份获得的年终一次性奖金则应视作该月收入的一部分来补缴相应的个人所得税。