企业支付的运输费用能否抵扣，需依据实际情况而定。若企业为一般纳税人，且取得增值税专用发票，并且该运输属于可抵扣范围，则其运输支出所支付的款项可以进行扣除。若企业不是一般纳税人，或未取得可以抵扣的增值税专用发票，则不能进行抵扣。