建筑分包工程的税务处理方式如下：分包人以分包工程收入额作为营业额，并负责缴纳相关税款。而总承包人在将工程分包或转包给他人时，其营业额计算为工程的全部承包额减去付给分包人的价款后的余额。无论是总承包还是分包工程，均统一由工程所在地的税务机关进行征管。
具体来说，当分包人向总承包人收取分包工程款时，需要到当地税务机关开具发票并完税。而总承包人在向兴建单位收取全额工程款时，则可以凭分包人开出的发票作为分包工程已完税的依据进行抵减，对余额部分征税。