对于一般纳税人企业，获取的高速公路电子发票中的通行费部分，其进项税额是允许进行抵扣处理的。

具体来说，一般纳税人企业从高速公路通行费电子发票中获得的可抵扣进项税额计算公式为：通行费金额除以1.03后乘以3%。

在会计处理上，当一般纳税人企业收到这类电子发票时，应按照以下步骤进行账务操作：

首先，借记管理费用等相关科目；

其次，贷记应交税费—应交增值税（进项税额）；

最后，贷记银行存款等相应科目。