首先，公司可以选择通过“现金折扣”的方式处理利息费用。具体操作是将应承担的利息费用直接从工程款中扣除，这意味着最终收取的工程款是扣除利息费用后的实际金额。另一种方式则是根据双方结算的全额开具建安发票，同时业主需要出具借款利息的票据，以便将“财务费用”科目入账。