增值税专用发票的存根联（或称记账联）主要用于销售方进行账务处理。而发票联则是购买方用于入账的重要凭证。此外，抵扣联在购买方手中则作为其抵扣税款的依据。另一方面，增值税普通发票中的记账联同样由销售方保存以记录交易情况，发票联则由购买方持有以便入账。