对于处理货物运输代理费的企业来说，在开具发票时，需要准确确认相关的收入和税费。具体的会计分录如下：
- 借：应收账款等 - 贷：主营业务收入 - 应交税费—应交增值税—销项税额等
而对于接收代理费发票的企业，则应根据具体情况将费用计入管理费用中的运输服务或所购进货物的成本中。其会计分录为：
- 借：管理费用—运费 - 贷：应付账款等