小企业会计准则与企业准则的适用范围、核算要求和会计科目设置存在显著差异。
首先，在适用范围方面，小企业会计准则适用于符合特定条件的小型企业，而企业准则则适用于大中型企业或不适用小企业会计准则的企业。
其次，在核算要求上，小企业会计准则对资产、负债等项目的计量方法进行了简化处理，减少了会计人员的职业判断。例如，小企业的资产要求按照成本计量，不计提资产减值准备；对短期投资和长期债券投资不要求按公允价值核算；对融资租入固定资产的入账价值不要求按照租赁开始日租赁资产公允价值与最低租赁付款额现值两者中较低者作为会计计量基础，而是按照租赁合同约定的付款总额和在签订租赁合同过程中发生的相关税费等确定。
此外，小企业会计准则还对债券溢折价摊销统一采用直线法进行摊销；对长期股权投资统一采用成本法核算；固定资产折旧年限和无形资产摊销期限的确定应当考虑税法的规定；长期待摊费用的核算内容和摊销期限与税法保持一致；资本公积仅核算资本溢价(或股本溢价)；采用应付税款法核算所得税；取消了外币财务报表折算差额；简化了财务报表的列报和披露；对会计政策变更和会计差错更正进行会计处理统一采用未来适用法等方面进行了规定。
最后，在会计科目设置上，小企业会计准则的科目数量大幅度减少，只有66个，而企业准则则有156个。