生产企业进料加工核销操作的流程如下：
第一步，下载进料加工核销反馈。登录出口退税综合服务平台，选择申报退税功能中的进料加工核销反馈下载选项，并指定申报年为2019年，之后进行查询和数据下载。此外，也可以直接从税务机关获取反馈数据。
第二步，读入反馈信息。在生产企业出口退税申报系统中打开向导，进入进料向导，然后是进料加工反馈接收部分，选择税务机关反馈信息读入，并加载之前下载的压缩包文件.zip。
第三步，核对数据。首先，在出口退税申报系统中使用向导功能，进入进料向导，执行手（账）册核销信息查询，并对核销报关单明细进行查询后导出为EXCEL格式。其次，通过综合数据查询功能，退（免）税数据查询（申报）中执行出口货物明细数据查询，设定搜索条件后确认并导出核销报关单明细至EXCEL文件。在核对过程中，对于报关单上的CIF与FOB价格差异及小数点差异可以忽略不计。
第四步，录入免抵退核销申报。再次使用出口退税申报系统的向导功能，进入进料向导，选择进料加工数据采集，并进行免抵退核销申报录入。在此步骤中，需要增加相关信息，包括所属期、序号以及手册号等，并确保数据自动填充正确。
第五步，生成进料加工数据。在完成上述步骤后，打开生产企业出口退税申报系统，通过向导和进料向导进入生成进料加工申报环节，最终生成电子数据。
第六步，提交进料加工核销申报。返回到出口退税综合服务平台，选择申报退税功能中的进料加工业务申报，并执行进料加工核销申报操作，上传必要的文件。
第七步，打印核销申请表。在生产企业出口退税申报系统中，使用向导和进料向导，打印进料加工报表，其中包括进料加工业务免抵退税核销申报表和已核销手册（账册）海关数据调整表（如无调整则无需打印）。是否报送纸质资料应根据当地税务要求决定。
第八步，处理税务机关反馈并生成新年度分配率。从税务机关获取新的年度分配率数据后，在出口退税申报系统中进行处理，并在次月的免抵退申报时自动参与出口汇总计算。