在处理代建房抵顶征地补偿费的税务问题时，公司需遵循特定规则。当企业通过协议出让方式获得土地后，除了支付国家规定的土地出让金外，还需向被征地一方支付相应的征地补偿费。在这种情况下，如果被征地方村委会要求企业在其土地上建造办公楼来作为补偿，根据国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号），这种安置用房应被视为销售行为，并按照相关规定确认收入，同时将其计入房地产开发项目的拆迁补偿费中。

根据《土地增值暂行条例实施细则》第七条的规定，土地征用及拆迁补偿费用包括了多项内容，如土地征用费、耕地占用税等。而《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第二十七条进一步明确了这些费用的具体范围。因此，在正常情况下，公司支付给被征地方的征地补偿费是可以计入开发成本进行扣除的。然而，对于以建造房屋来抵顶补偿费的情况，存在两种可能的纳税认定方式：

首先，如果企业建造的房屋用于换取被征地方的土地，即便该房屋并不位于公司原有的土地权属范围内，仍可能面临按“销售不动产”征收增值税的风险。

其次，按照实质重于形式的原则，若企业仅为被征地方建造办公楼，并将其视为货币资金补偿的一种形式，则可以按照补偿款委托公司建造办公楼的方式来处理。此时，公司可以通过办公楼工程价款结算单或双方根据补偿协议确定的金额来确认开发成本，而无需按照“销售不动产”来计算增值税。如果办公楼的实际结算价款高于约定的征地补偿费，那么仅需按照“服务业”的标准计征增值税即可。

值得注意的是，由于各地具体政策执行上可能存在差异，因此公司在建造办公楼是否符合“代建”规定方面，可能需要得到税务机关的认可和支持。