在企业合作建房的账务处理中，通常采用以下几种方式来确定入账的公司：

1、如果合同中有明确的约定，则按照合同约定的方式进行入账。

2、若合同中没有相关约定，则依据发票上的抬头信息来确定入账的公司。

3、还可以根据其他资产的所属权限来确认，例如土地使用权的归属情况来决定入账的公司。