计算全年一次性奖金的个人所得税时，首先将年终奖除以12，根据得到的商数确定适用税率和速算扣除数。然后使用公式：全年一次性奖金乘以适用税率减去速算扣除数来计算应缴纳的个人所得税。如果当月工资低于5000元，则需要从年终奖中减去与5000元之间的差额，再按照上述方法进行计算。