建筑工程异地预缴税款的流程如下：首先，携带营业执照、公章、法人代表身份证以及合同等相关资料前往机构所在地填写外出经营活动税收管理证明。然后，携带这些资料前往项目所在地填写表格，预交增值税、附加税、印花税和企业所得税等税款。