在处理辅导期一般纳税人的海关增值税发票时，首先必须进行认证。只有当比对结果通过后，才能允许抵扣。
当认证入账发生在当月时，相关的账务处理如下：
借方：库存商品或原材料 借方：应交税费—应交增值税（待抵扣进项税额） 贷方：银行存款等科目
一旦比对通过并完成抵扣时，账务处理则调整为：
借方：应交税费—应交增值税（进项税额） 贷方：应交税费—应交增值税（待抵扣进项税额）