当您不慎遗失增值税专用发票的部分联次，例如只丢失了抵扣联而发票联尚在手时，应采用发票联进行认证并入账处理，同时需保留发票联的复印件以供日后查验。

反之，若仅剩抵扣联而发票联丢失的情况下，则需利用抵扣联完成认证及记账流程，并确保抵扣联的复印件妥善保存，作为备查资料。