小规模纳税人在代开专用发票时，需要申报附加税。以下是具体的操作步骤：

1、首先，登录电子税务局，点击“我要办税”下的“税费申报及缴纳”，然后选择城市维护建设税并点击“填写申报表”。

2、进入申报表界面后，需要核对“税款所属期限”。对于小规模纳税人来说，城建税通常是按季度进行申报的。

3、接着，填写“当月缴纳的增值税金额”。请注意，城建税会根据所填的增值税金额自动计算出相应的税额。同时，还需要填写教育附加和地方附加的金额，这三项必须一起申报。在填写增值税时，需要分三行分别填写。

4、完成以上步骤后，核对报表，确保所有信息无误。然后，填写“经办人及身份证号码”，点击右上角的“申报”，最后点击确定以完成申报。