根据相关规定，关联企业之间的往来款项如果发生坏账损失，其处理方式取决于具体的借款来源和债权性质。首先，对于通过非金融机构的关联方拆借资金所产生的坏账损失，如果该企业并未获得国家许可从事贷款业务，那么这些损失是不能在企业所得税前进行扣除的。其次，如果该笔债权与公司的主营业务无关，例如投资性收益等，同样不允许在税前扣除此类损失。最后，当坏账是由企业的正常购销活动引起时，企业需要准备相应的证明材料，并提交给税务机关审核。只有在得到税务部门批准之后，这部分因购销活动而产生的坏账损失才能被允许在计算应纳税所得额时予以扣除。