在处理不能抵扣的增值税专用发票时，企业通常面临三种不同的选择。每种方法都有其特定的适用场景和操作流程。

一、当企业收到无法用于抵扣的增值税专用发票时，可以选择不进行认证和抵扣，将其视为普通发票处理。这样做虽然操作简单快捷，但会导致滞留票的产生。滞留票是指销售方已经开具并抄税报税，而购货方没有进行认证抵扣的增值税专用发票。这类发票是税务机关监管的重点，持有滞留票的企业可能会受到税务检查。因此，企业需要就滞留票产生的原因向税务机关做出说明。

二、另一种方法是只认证不抵扣。在这种情况下，企业将不能抵扣的进项税额作为待抵扣进项税额进行账务处理及纳税申报。这种方法在一定程度上减少了滞留票的风险，因为它涉及到了对已认证发票的暂挂处理。然而，由于企业已经确定对应的进项不能抵扣，通过待抵扣进项税额科目过渡只是一种暂时性的处理方式。

三、最后一种方法是先认证后抵扣再转出。首先，企业在收到发票时将其记入原材料等科目，并同时计入应交税费—待抵扣进项税额。接下来，当企业认证并抵扣这些发票时，会从待抵扣进项税额转入应交税费—应交增值税（进项税额）。最后，如果需要将进项税额转出，企业会从原材料等科目转入应交税费—应交增值税（进项税额转出）。这种方法确保了企业能够准确地反映其财务状况，并遵守税法规定。