企业开具的发票金额如果超过合同金额的，一般需要根据实际情况来确认对应的处理方式，如果是发票开具错误的，则应该作废或者开具红字发票冲减，然后按实际金额重新开具对应的发票，如果是因为合同金额和实际结算金额有差异的，则应该签订补充协议，使得开票金额和合同金额一致。