两处工资所得的话，发放工资的两个单位各自申报工资薪金个人所得税，年度终了后，员工个人自己在手机APP上汇算清缴。

《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十五条　取得综合所得需要办理汇算清缴的情形包括：

（一）从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；

（二）取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元；

（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额；

（四）纳税人申请退税。