小规模纳税人应纳增值税的计算公式为：增值税=（销售额-非税收入）×税率-进项税额-即征即退税额。
销售额指纳税人在某种货物和服务中取得的实收金额，不包括任何折扣和折让，原则上是包括从增值税纳税申报表项目中除“货物出口、服务收入”以外的所有货物、提供劳务收入（不包括无形资产收入）。
非税收入指非税收入分类明细表中1-20账目中的金额，由税务机关确定。
税率指小规模纳税人增值税税率，根据税务机关发布的相关税率规定，小规模纳税人一般可享受6%和3%的减按比例税率。
进项税额指纳税人进购原材料的增值税额，一般位于增值税纳税申报表的税额栏中。
即征即退税额指小规模纳税人实施即征即退政策所征税额，一般位于增值税纳税申报表的即征即退栏中。
拓展知识：小规模纳税人一般认定适用减按比例征收的主要标准有：一年内实现的营业收入未超过3000万元，且一年内实现的营业收入中，货物及劳务收入均不超过5000万元。