农业公司的主要业务是销售苗木。对于账务处理，以下是具体的步骤：
首先，当款项已收到时，需要进行相应的账务处理。根据会计原则，我们应该借记银行存款账户，表示公司的现金或存款增加。同时，贷记主营业务收入账户，表示公司通过销售苗木获得了收入。
其次，如果款项未收到，我们仍然需要进行相应的账务处理。在这种情况下，我们应该借记应收账款账户，表示公司尚未收到但已经确认的应收款项。与此同时，贷记主营业务收入账户，表示公司通过销售苗木获得了收入。
需要注意的是，无论是款项已收到还是未收到，我们都将主营业务收入作为贷方账户进行记录。这是因为无论款项是否已到账，公司都已经完成苗木的销售，并有权获得相应的收入。
总结起来，农业公司在销售苗木时，账务处理包括款项已收到和款项未收到两种情况。在款项已收到的情况下，我们需要借记银行存款账户，贷记主营业务收入账户。而在款项未收到的情况下，我们需要借记应收账款账户，贷记主营业务收入账户。这些账务处理步骤有助于确保公司的财务记录准确无误。