根据企业会计准则，处理补缴税款的方式主要有两种。方案一是当补缴税款金额较大，对会计报表影响重大时，需要调整以前年度损益。操作步骤如下：首先，确认补缴企业所得税税额，借记“以前年度损益调整”，贷记“应交税费—应交企业所得税”。其次，缴纳企业所得税时，借记“应交税费—应交企业所得税”，贷记“银行存款”。然后，结转以前年度损益调整，借记“利润分配—未分配利润”，贷记“以前年度损益调整”。最后，如果之前没有计提盈余公积金，则不需要调整“利润分配”有关数额。
方案二是当补缴税款对会计报表影响不重大时，可以简化处理，直接计入当期损益。具体操作为：首先，确认补缴企业所得税税额，借记“所得税费用”，贷记“应交税费—应交企业所得税”。其次，缴纳企业所得税时，借记“应交税费—应交企业所得税”，贷记“银行存款”。
对于执行小企业会计准则的企业，账务处理可以参考以下方式：首先，确认补税金额，借记“所得税费用（补税金额）”，贷记“应交税费—应交企业所得税（补税金额）”。其次，实际缴税时，借记“应交税费—应交企业所得税（补税金额）”，贷记“银行存款（补税金额）”。