公司代扣的个人所得税零申报：

《征管法实施细则》第十三条 扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，向所在地的主管税务机关申报办理扣缴税款登记，领取扣缴税款登记证件，所以单位应当是扣缴义务人，只要办登记了就应当按月申报，就使无税款也要进行零申报，也就是说按实际发放工资数填，是零就填零，扣缴税款处也为零就可以申报。

进入自然人税收管理系统扣缴客户端首页选择要申报的月份，点开综合所得申报表，工资薪金申报表打开，收入栏次填零，然后保存返回，点击税款计算，附表填写让好发生申报就好了。