通行费电子发票分为征税发票（通过经营性收费公路）和不征税发票（通过政府还贷性收费公路），征税发票可用于增值税发票抵扣，不征税发票不可用于抵扣。高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1 3%）×3%。