一个企业只能有一套账，高新技术企业也只能有一套账，不过高新技术企业要做好研发费的归集账务处理和高新技术产品或服务收入的核算，因为高新技术企业进行审核时需要提供对应的数据，高新技术企业申请所得税优惠的时候，也会需要提供这些进行备案、核查。