1. 历史背景

自改革开放以来，中国东南沿海地区及台湾地区的经济快速发展，海峡两岸交流日益频繁。但相应地，也带来了海域污染和生态破坏等问题。

2. 生态环境现状

海峡两岸生态环境差异明显。台湾地区由于长期重视环境保护，其生态环境相对较好，而中国东南沿海地区则存在着海岸线退缩、河口淤积、水污染等问题。

3. 治理措施

为了保护海峡生态环境，两岸应加强合作，采取以下治理措施：

（1）加强科研合作，提高环境保护的技术水平；

（2）共同制定海洋环保标准和法规，确保经济发展不以牺牲环境为代价；

（3）加强对海域污染的监测和防治，对违规排放行为进行严厉处罚；

（4）加强生态保护和修复，增强海洋生态系统的自我调节能力。

4. 未来展望

随着两岸经济交流的不断加深以及全球环保意识的提高，海峡两岸的环保合作将逐步加强。同时，加强生态保护也将成为长期任务，为海峡两岸的可持续发展提供坚实基础。