小规模纳税人在取得税务机关代开的增值税专用发票时，是不能进行抵扣的。这是因为小规模纳税人已经执行了征收率的低税率，不具备一般纳税人性质，因此不能再进行抵扣专票了。即使取得了增值税专用发票，也不能进行抵扣，只能将其当作普通发票来使用。
我们不建议小规模纳税人索取增值税专用发票，具体原因分析如下：虽然小规模纳税人不能抵扣增值税专用发票的进项税，但是在税控盘的开票系统中，由于某一张增值税专用发票没有被抵扣进项税，会产生系统滞留的情况。税务部门会查找这张发票最终流向，这无形中就增加了接收这张发票的小规模纳税人的查账风险。
综上所述，为了减少不必要的税务麻烦，我们建议小规模纳税人尽量不要接收或者开具增值税专用发票。