在收到税务机关准予留抵退税的《税务事项通知书》当期，企业需要按照税务机关核准的允许退还的留抵税额冲减期末留抵税额。同时，在办理增值税纳税申报时，企业应相应填写《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第22栏“上期留抵税额退税”和《增值税及附加税费申报表附列资料（五）》（附加税费情况表）第8栏“当期新增可用于扣除的留抵退税额”。
所谓的留抵税是指当纳税人的进项税额大于销项税额时，即出现了留抵税额。进项税指的是纳税人在购进货物、无形资产或者不动产等时候支付的增值税额。而销项税，则指销售时收取的增值税额。一般而言，形成留抵税额的原因有很多，比如集中投资、货物生产周期较长等。
因此，企业在收到税务机关准予留抵退税的通知后，应当及时进行相关操作，以确保正确处理留抵税额。首先，企业需要根据税务机关核准的允许退还的留抵税额，冲减期末留抵税额。其次，在办理增值税纳税申报时，企业应填写相关的申报表格，包括《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》中的第22栏“上期留抵税额退税”和《增值税及附加税费申报表附列资料（五）》中的第8栏“当期新增可用于扣除的留抵退税额”。
通过以上操作，企业可以正确处理留抵税额，并确保符合税法规定。此外，企业还应注意留抵税额的形成原因，以便合理规划经营策略，避免出现过多的留抵税额。