当工资发放迟到并扣除款项时，会计分录如下：
首先，按照扣除迟到扣款后的金额计提：
1. 企业计提工资时： 借：管理费用—员工工资（根据费用所属部门计入对应科目） 贷：应付职工薪酬—工资（已扣迟到罚款款的应发工资）
2. 实际发放工资时： 借：应付职工薪酬—工资（已扣迟到罚款款的应发工资） 贷：其他应收款—个人社会保险费 贷：其他应收款—个人公积金 贷：应交税费—应交个人所得税 贷：银行存款
其次，按照未扣除迟到扣款的金额计提：
1. 企业计提工资时： 借：管理费用—员工工资（根据费用所属部门计入对应科目） 贷：应付职工薪酬—工资（未扣迟到罚款款的应发工资）
2. 实际发放工资时： 借：应付职工薪酬—工资（未扣迟到罚款款的应发工资） 贷：其他应收款—个人社会保险费 贷：营业外收入（迟到扣款金额） 贷：其他应收款—个人公积金 贷：应交税费—应交个人所得税 贷：银行存款