根据财税【2017】90号的规定，自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费将按照以下规定抵扣进项税额。首先，纳税人支付的道路通行费，将按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额进行抵扣。在2018年1月1日至6月30日期间，如果纳税人暂时无法获得收费公路通行费增值税电子普通发票，可以使用通行费发票上的收费金额来计算可抵扣的进项税额。具体公式为：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1 3%）×3%。
同样地，从2018年1月1日至12月31日，纳税人支付的一级、二级公路通行费也可以按照类似的方式进行抵扣。如果暂时无法获得收费公路通行费增值税电子普通发票，可以使用通行费发票上注明的收费金额来计算可抵扣的进项税额。具体公式为：一级、二级公路通行费可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷（1 5%）×5%。
此外，对于纳税人支付的桥、闸通行费，也可以使用通行费发票上注明的收费金额来计算可抵扣的进项税额。具体公式为：桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1 5%）×5%。
需要注意的是，本通知所称的通行费是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。同时，《财政部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知》（财税〔2016〕86号）自2018年1月1日起停止执行。