在处理员工薪酬时，企业需要通过计提凭证来进行。具体来说：
1. 在计提阶段，企业首先需要在生产成本、制造费用、管理费用、销售费用等科目中，分别扣除工资和住房公积金以及社保的数额。
2. 然后，在应付职工薪酬这一科目下，将扣除的工资部分记为贷方，同时将公积金和企业承担的社保部分也记为贷方。
3. 当次月或实际发放工资时，企业需要将应付职工薪酬中的工资源部分转入银行存款或其他应付款科目，同时将个人承担的社保和公积金部分以及个人所得税进行扣除。
4. 最后，企业需要缴纳社保和申报个税。这需要借记应交税费中的个人所得税，并分别将公积金和企业承担的社保部分，以及个人承担的公积金和社保部分记为贷方，然后将这些款项从银行存款中扣除。
以上就是企业在处理员工薪酬时，需要通过计提凭证来进行的详细步骤。