当公司为员工代扣社保时，其会计分录如下：
1. 上交社保时，公司的会计分录为： - 借：其他应收款-个人社保费； - 借：应付职工薪酬-社保费； - 贷：银行存款。
2. 当发放工资时，公司会将之前代扣的社保费扣除并支付给员工。此时，会计分录为： - 借：应付职工薪酬-工资； - 贷：其他应收款-个人社保费； - 贷：银行存款。
3. 个人社保费是包含在员工的工资中的，因此在计算工资时，公司需要计提这部分费用。具体会计分录为： - 借：管理费用-工资； - 贷：应付职工薪酬-工资。
4. 同时，公司还需要计提单位社保费。相应的会计分录为： - 借：管理费用-社保费； - 贷：应付职工薪酬-社保费。
总结，公司在代扣员工社保时，会有一系列的会计分录进行处理，确保账务的准确性和合规性。