应付扣除的厂商折扣会计分录是企业在采购过程中经常会遇到的情况。当企业与供应商达成协议后，供应商可能会给予一定的折扣。这些折扣通常是基于采购金额或数量来计算的。为了正确记录这些折扣，企业需要按照以下步骤进行会计分录：
1. 采购入账的时候： 首先，企业需要将采购的商品或原材料等资产记入库存。同时，根据采购金额和税率计算应交的增值税，并将其记入应交税费-应交增值税-进项税额科目。最后，将应付给供应商的款项记入应付账款等科目。
2. 收到采购折扣的时候： 当企业收到供应商给予的折扣时，需要进行相应的会计处理。首先，将折扣金额记入借方红字，表示减少了库存商品、原材料等资产的价值。同时，将应交的增值税从进项税额转出，记入贷方蓝字，表示减少了应交的税款。最后，将应付给供应商的款项减少，记入贷方红字。
通过以上会计分录，企业可以准确地记录应付扣除的厂商折扣情况。这样做有助于企业准确掌握采购成本和应付款项，为企业的财务管理提供准确的数据支持。同时，这也符合会计准则的要求，确保了财务报表的准确性和可靠性。