当企业实际收到的货款大于开票金额时，一般有两种处理方式。首先，企业可以将多收到的部分计入预收账款科目进行核算。这种情况下，会计分录如下：
借：预收账款 银行存款 贷：主营业务收入 应交税费—应交增值税—销项税额
其次，企业也可以将多收到的部分作为不开票收入进行核算。在这种情况下，会计分录如下：
借：预收账款 银行存款 贷：主营业务收入 应交税费—应交增值税—销项税额
这两种处理方式都可以根据企业的具体情况和需求来选择。无论采用哪种方式，都需要确保会计记录的准确性和合规性，以便后续的财务分析和报表编制工作。
在实际操作中，企业应该密切关注货款的收取情况，并及时与供应商进行沟通和核实。如果发现货款超过开票金额，应及时采取相应的处理措施，以避免可能的税务风险和财务问题。
此外，企业还应该建立健全的内部控制制度，确保货款的收取和核算过程的透明性和可追溯性。这包括设立专门的岗位和责任，制定详细的操作流程和审批程序，以及加强对相关人员的培训和监督。
总之，对于企业实际收到的货款大于开票金额的情况，企业应根据具体情况选择合适的处理方式，并确保会计记录的准确性和合规性。同时，企业还应加强内部控制，以确保货款收取和核算过程的透明性和可追溯性。