对于运输企业而言，运费和路桥费是其日常运营成本的重要组成部分，因此，这些费用应被纳入主营业务成本进行核算。这是财务管理的基本原则，也是确保企业财务健康的重要环节。
首先，我们需要理解运费和路桥费的性质。运费是运输企业为客户提供运输服务所收取的费用，而路桥费则是企业在运输过程中支付给相关机构的费用。这两者都是企业为了完成其核心业务——运输服务——而必须承担的成本。
其次，这些费用应当如何核算呢？在会计科目中，主营业务成本是用来记录企业在进行其主要业务活动过程中所发生的所有成本的。因此，运费和路桥费作为运输企业的主要成本，应当被计入到主营业务成本科目中。
然后，如果运输企业是一般纳税人，那么它还需要确认对应的进项税额。这是因为，根据税法的规定，企业支付的增值税是可以抵扣的。因此，企业需要将支付的增值税记入应交税费—应交增值税—进项税额这个科目中。
最后，企业需要将这些费用从现金等资产中扣除。这是因为，当企业支付这些费用时，它的现金等资产会相应地减少。因此，企业需要在会计分录中记录这一变化。
综上所述，运输企业支付的运费和路桥费应当被计入到主营业务成本科目进行核算，如果是一般纳税人，还应该确认对应的进项税额。这一过程涉及到会计科目的选择、费用的计算、税额的确认以及资产的调整等多个环节，需要企业进行精细化管理，以确保其财务数据的准确性。