代理公司代收的海关手续费，对于支付方账务处理是，需要将该费用记入库存商品等相关科目。具体来说，借方应为库存商品等科目，贷方应为银行存款等科目。
而收到该费用的一方在账务处理上，则需要将该费用记入其他应付款科目。具体来说，借方应为银行存款等科目，贷方应为其他应付款。
以上是根据语句和序号换行的改写内容，段落首行缩进两个字符。