长期股权投资的初始投资成本与支付的现金、转让的非现金资产及所承担债务账面价值之间的差额，应当调整资本公积（资本溢价或股本溢价）。如果资本公积的余额不足冲减，则依次冲减盈余公积和未分配利润。
当合并方以发行权益性工具作为合并对价时，应按发行股份的面值总额作为股本。此时，长期股权投资的初始投资成本与所发行股份面值总额之间的差额，也应当调整资本公积（资本溢价或股本溢价）。同样地，如果资本公积的余额不足冲减，则依次冲减盈余公积和未分配利润。
在处理长期股权投资初始投资成本与合并对价差额时，需要注意以下几点：
首先，需要将差额调整为资本公积（资本溢价或股本溢价）。这是为了反映公司通过合并交易获得的经济利益。
其次，如果资本公积的余额不足以冲减差额，则需要依次冲减盈余公积和未分配利润。这是因为盈余公积和未分配利润是公司留存收益的重要组成部分，用于弥补亏损和分配利润。
最后，如果合并方以发行权益性工具作为合并对价，需要按照发行股份的面值总额作为股本。这样可以确保长期股权投资的初始投资成本与所发行股份面值总额之间的差额得到正确处理。
总之，对于长期股权投资初始投资成本与合并对价差额的处理，需要根据具体情况进行调整，并遵循相应的会计原则和规定。这样可以确保财务报表的准确性和可靠性，为投资者和决策者提供有用的信息。