在处理同一控制下企业合并支付对价的差额时，首先需要确定合并日长期股权投资的初始投资成本。这个成本与达到合并前长期股权投资账面价值加上合并日进一步取得股份新支付对价的账面价值之和之间可能存在差额。为了确保财务报表的准确性，这个差额需要进行适当的调整。
调整的方法是将差额部分计入资本公积。资本公积是一个用于记录企业非经营性收入和损失的会计科目，它可以帮助反映企业的净资产变动情况。在这个例子中，资本公积的增加是由于同一控制下企业合并支付对价的差额所导致的。
然而，如果资本公积的余额不足以冲减这个差额，那么剩余的部分需要进行调整留存收益。调整留存收益是指将企业净利润的一部分转入留存收益的过程，它可以帮助企业在未来进行再投资或者分配给股东。
总之，在同一控制下企业合并支付对价的差额处理过程中，需要将合并日长期股权投资的初始投资成本与达到合并前长期股权投资账面价值加上合并日进一步取得股份新支付对价的账面价值之和之间的差额进行调整。这个调整过程包括将差额计入资本公积和调整留存收益（如果资本公积不足）。通过这样的处理，可以确保财务报表的准确性，为企业的决策提供可靠的数据支持。