开出支票支付运费的会计分录如下：
借：销售费用-运费，应交税费-应交增值税(进项税额)，贷：银行存款。
关于支付运费对应进项税额能否抵扣的处理，以下是一些具体情况：
1. 销售货物时支付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
2. 购买货物时支付运费：如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
3. 如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额。如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。