根据《国家税务总局关于总机构提取管理费税前扣除审批办法的补充通知 国税函[1999]136号》的规定，对母子公司体制的管理费提取原则上仅限于全资子公司。因此，贵公司作为集团公司的一家控股子公司，在控股关系上不符合这一要求。
另外，根据通知第二款第二条的规定，管理费提取采取比例和定额控制，提取比例一般不得超过总收入的2%。然而，贵公司提取的比例为5%，已经超过了标准。
此外，根据通知第四款第一条的规定，由总机构向所在地主管税务机关提出申请，税务机关逐级审核上报。这意味着，贵公司应该以总机构获得的主管税务机关的审批文件为法定依据，而不能以集团公司的内部文件为依据。
最后，对于纳税人有意弄虚作假骗取审批管理费、多提管理费以及未经批准提取管理费的情况，税务机关不予审批，税前不准扣除，已审批的要撤销审批，进行纳税调整。
综上所述，贵公司在管理费提取方面存在一些问题。首先，由于贵公司属于集团公司的一家控股子公司，在控股关系上不符合提取管理费的要求。其次，贵公司提取的比例超过了标准限制。此外，贵公司以集团公司的内部文件为依据也不符合规定。最后，如果贵公司有意弄虚作假或未经批准提取管理费，将会受到相应的处罚。