补发工资通常归类为工资薪金所得，因此需按照工资薪酬所得的相关规定来计算个人所得税。其基本的会计处理流程如下：

首先，记录应支付给员工的薪酬：

借记：应付职工薪酬—工资，

贷记：银行存款，

接着，反映管理费用中的薪酬支出：

借记：管理费用—工资，

贷记：应付职工薪酬—工资。