作废发票的处理原则是：首先，必须及时收回已开具的作废发票，不能积累未收回的作废发票；其次，在登记入账时，只需在开票登记表或发票制证簿中填写“作废”字样，而不需要重新登记发票号码，这样可以认定其已登记入账并视同废除；此外，作废发票不能作为可抵税费用或可报销费用的依据；在发票管理系统中需要标明作废字样，以便后续查询；最后，对于作废发票本体，不能随意丢弃，可以采取隔封、折纸等方式进行归档存储，以备后续查询使用。
根据《发票管理办法》的要求，登记作废的发票需要在发票管理系统中进行登记作废，并在账簿核销的同时，同步在发票管理系统中注明作废。另外，在作废发票的有效期限内，不得在税务机关系统上报送登记。